Jeszcze przed śmiercią Funakoshiego część młodych zawodników wywierała naciski na prowadzących treningi aby wprowadzić wolna walkę do programu zajęć. W rozumieniu starego mistrza było to sprzeczne z podstawowymi zasadami karate. Będąc jednakże człowiekiem wyrozumiałym i tolerancyjnym zgodził się na wprowadzenie do treningu karate takich elementów jak: Gohon kumite, kontratak czy Ippon kumite. Kiedy w roku 1927 Miko, Bo i Hirayama wprowadzili na Shichi Tokudo trening jiyu-kumite to Funakoshi i Ohtsuka przestali tam przychodzić. Walki były wtedy realne i często dochodziło do poważnych kontuzji a wręcz wypadków. Dopóki żył Funakoshi nikt nie odważył się mu sprzeciwić organizując np. zawody sportowe. Wszyscy wiedzieli, że był temu przeciwny. Studenci jednak nie ustawali w próbach zliberalizowania sztuki. Organizowali spotkania pomiędzy uniwersytetami, które nazywali Kokan Geiko, czyli wymiana doświadczeń. Podczas takiej wymiany czasami pękały kości lub wylatywały zęby...
Po II wojnie światowej w karate doszło do kryzysu i pierwszego rozłamu w karate. Z frontu powróciła część starszych karateków i instruktorów wywodzących sie z shotokan dojo, która miała za sobą kilkuletnią przerwę w treningach zaś w klubach uczelnianych dominowali młodzi i mniej doświadczeni karatecy, którzy jednak w ostatnich latach zrobili duże postępy. Ci wywodzący się z shotokan dojo nastawieni byli na kontynuowanie treningów w duchu Yoshitaka Funakoshiego. Młodzi skupieni głównie na uniwersytetach wokół Masatoshi Nakayamy i Uniwersytetu Takushoku, gdzie kapiatanem drużyny był Hidetaka Nishiyama  domagają się zmian w kierunku usportowenia karate. Masatoshi Nakayama i Isao Obata dążą do powołania organizacji uniwersyteckiej. W 1949 roku razem z Nishiyamą opracowali statut i powołali do życia Ogólnojapoński Akademicki Związek Karate. Z czasem z jakichś powodów dochodzi do rozłamu pomiędzy Nakayamą a Obatą i ten ostatni wycofuje się z nowej organizacji.
Po odejściu stworzył konkurencyjną Ligę Akademicką, która skupiła starszych uczniów nie aprobujących zmian w dotychczasowym treningu. Do tej grupy dawnych uczniów Funakoshiego należeli oprócz Isao Obaty, Seichi Takagi, Hiroshi Naguchi, Shigeru Egami, Genshin Hironishi. To właśnie z tej grupy wyewoluował shotokai - styl kontynuujący karate w rozumieniu Gichina Funakoshi a szczególnie jego syna Yoshitaki. Liderem tej szkoły był Shigeru Egami (1912-1981) zaś obecnie jest Mitsuke Harada (Wlk.Brytania).
Jeszcze inni mistrzowie na znak protestu przeciwko rozłamowi, który stał się faktem, przestali nauczać karate lub wycofali się z niego zupełnie, zajmując się inną działalnością. Kiedy do Tokio wrócił Funakoshi Nakayama zaproponował mu objęcie honorowego przewodnictwa w nowej organizacji.
W maju 1949 roku powstaje z inicjatywy  Nakayamy i Nishiyamy "nowy związek", znany powszechnie jako JKA - Japan Karate Association (Japoński Związek Karate - Nihon Karate Kyokai).  Głównym instruktorem JKA zostaje Gichin Funakoshi zaś Hidetaka Nishiyama dyrektorem Departamentu Zagranicznego JKA. Wydział ten zajmował się szkoleniem i wysyłaniem za granicę japońskich instruktorów. Początkowo organizacja ta skupiała zaledwie kilku członków i instruktorów (Nakayama, Nishiyama, Enoeda, Shirai, Kanazawa, Mikami i inni), którzy pod okiem Mistrza rozwijali swoje karate.  Gichin Funakoshi był już bardzo sędziwy i niechętnie w tamtym okresie brał udział w nauczaniu. Czasami odwiedzał poszczególne uniwersytety ale głównie aby obserwować treningi.
W 1952 roku Dowództwo Lotnictwa Strategicznego Sił Powietrznych USA wysłało do Japonii grupę młodych oficerów i pooficerów dla studiowania judo, aikido i karate-do. W czasie 3 miesięcznego kursu szkolono ich na instruktorów wychowani fizycznego w siłach zbrojnych USA. Przez kilkanaście lat  2-3 razy do roku przyjeżdżały takie grupy przyczyniając sie później do popularyzacji japońskich sztuk walki poza granicami Japonii. W 1953 roku zaproszono do USA grupę japońskich instruktorów w celu przeprowadzenia pokazów w ok. 50 bazach lotnictwa amerykańskiego. Grupą pokazową kierował Hidetaka Nishiyama.
W dniu 10 kwietnia 1957 roku Japońskie Ministerstwo Edukacji oficjalnie uznaje JKA. W sierpniu 1956 roku wydane zostały pierwsze przepisy walki sportowej (autorstwa H.Nishiyamy) oraz ruszył program szkolenia instruktorów. Tuż po śmierci Funakoshiego, 20 października 1957 roku w Tokio Metropolitan Gymnasium zorganizowane zostały  przez JKA I Ogólnojapońskie Mistrzostwa Karate, które wygrał Hirokazu Kanazawa, zaś miesiąc później Ogólnojapoński Akademicki Związek Karate zorganizował turniej przed kilkutysięczna widownią.

Były to milowe kroki na drodze karate jako nowoczesnej dyscypliny sportowej. Nowym głównym instruktorem JKA po śmierci Funakoshiego został Masatoshi Nakayama. Wynikiem działań M.Nakayamy było podjęcie próby naukowego wyjaśnienia karate w opraciu m.in. o anatomię i fizjologię. W ten sposób Nakayama i jego współpracownicy byli w stanie w sposób racjonalny przedstawić całemu światu podstawy sztuki karate - nowej dyscypliny sportowej XX wieku. Z jego inicjatywy dokonuje się systematyzacji technik karate, standaryzacji kata oraz ich obowiązującej interpretacji.
W 1964 roku z polecenia Ministra Edukacji powołana zostaje w Japonii FAJKO - Federation All Japan Karate Organisation (Ogólnojapońska Federacja Karate) skupiająca około 100 różnych organizacji karate działających w kraju kwitnącej wiśni, za wyjątkiem Kyokushinkai - Masutatsu Oyamy, który nie zgłosił do niej akcesu aż do 1980 roku.
W Europie karate pojawiło się w 1948 roku kiedy Francuz Henri D.Plee' przywiózł ze sobą z Japonii kilku mistrzów karate m.in. Mochizuki, Oshima i Murakami. W 1955 roku w Paryżu otwarto pierwszy klub karate a w 1959 powołano do życia Francuski Związek Karate.
W 1961 roku Hidetaka Nishiyama po osiedleniu sie w Kaliforni (USA) zakłada All American Karate Federation (AAKF) i w tym samym roku organizuje I Mistrzostwa Karate USA.
W 1965 roku również w Paryżu powstaje EKU - Europea Karate Union (Europejska Unia Karate) z Jacques Delcourtem na czele. Organizacja ta skupiła związki narodowe, ktore były oficjalnie uznawane przez władze sportowe swoich  krajów.
W 1970 roku powołano do życia WUKO - World Union of Karate Organisation (Światową Unię Organizacji Karate), której prezydentem został japoński milioner Eyochi Sasakawa, sekretarzem generalnym Jacques Delcourt. W skład WUKO weszły kontynentalne organizacje karate: EKU - Europea Karate Union, APKU - Asia-Pacific Karate-do Union oraz CACKU - Central America-Caribean Karate-do Union. Równolegle z obradami kongresu założycielskiego rozegrano pierwsze mistrzostwa świata WUKO. W 1972 roku JKA występuje z organizacji FAJKO, która weszła w skład APKU. 
W 1972 roku korzystając z załamania się jedności organizacyjnej na Mistrzostwach Świata w Paryżu, spowodowanej dopuszczeniem do zawodów reprezentacji RPA , kraju stosującego wtedy politykę "apartheidu", wiceprezydent WUKO A.R.Allen po wcześniejszym porozumieniu z Hidetaka Nishiyamą - czołową postacią stylu shotokan w USA, członkiem JKA - powołuje do życia International Amateur Karate Federation (IAKF - Międzynarodowa Federacja Karate Amatorskiego) skupiającą przede wszystkim szkołę shotokan.
Było to wielkie rozbicie światowego ruchu karate. Poza WUKO znalazły się główne postacie stylu shotokan na świecie, cieszące się dużym szacunkiem i uznaniem: Shirai we Włoszech, Enoeda w Wlk. Brytanii, Kase we Francji, Ochi w RFN, Miyazaki w Belgii. Mistrzowie Ci pełnili funkcje jeśli nie głównych instruktorów to trenerów narodowych reprezentacji w danym kraju. Dodatkowo sytuacje skomplikowało JKA, które weszło w skład IAKF-u zaś Masatoshi Nakayama został dyrektorem technicznym IAKF. W 1975 roku powstaje jako odpowiednik europejski IAKF-u European Amateur Karate Federation (EAKF - Europejska Federacja Karate Amatorskiego) oraz w Los Angeles zorganizowane zostaja I Mistrzostwa Świata Karate IAKF.
W 1977 roku w Japonii powstaje, założona przez Hirokazu Kanazawę, Shotokan Karate-do International Federation (Międzynarodowa Organizacja Karate Shotokan) a w 1979 roku jej europejski odpowiednik SKIE - European Shotokan Karate-do International (Europejska Organizacja Karate Shotokan) kierowana przez zawodowego instruktora zamieszkującego Anglię - Shiro Asano.
W 1981 roku IAKF zostaje przekształcone  w ITKF-International Traditional Karate Federation (Międzynarodową Federacje Karate Tradycyjnego) zaś w 1996 roku WUKO zostaje przekształcone w WKF-World Karate Federation (Światową Federację Karate). Tymczasem WKF miała być zgodnie z wolą Miedzynarodowego Komitetu Olimpijskiego (I.O.C.) nowym ciałem organizacyjnym powstałym na drodze unifikacji z WUKO i ITKF. Karate nowoczesne (sportowe) oraz karate tradycyjne miały pozostać dwiema odrębnymi dyscyplinami, kierowanymi w ramach WKF przez niezalezne komisje srtylowe: komisję karate sportowego  i komisję karate tradycyjnego. Pomimo wyprzedającego przekształcenia się WUKO w WKF to właśnie ta organizacja w przeciwnieństwie do ITKF nie ratyfikowała do dnia dzisiejszego dokumentów zjednoczeniowych obu organizacji karate. Zaprzepaszczona została kolejna szansa na stworzenie pierwszej w dziejach ludzkości światowej organizacji, skupiającej tak wielką ilość trenujących karate. Olimpijska premiera znowu przepadła i chociaż co jakiś czas pojawiają sie kolejne wypowiedzi świadczące, że nie wszystko jeszcze stracone, olimpijski awans karate wydaje się być coraz odleglejszy w czasie. Zresztą wejście do grona dyscyplin olimpijskich także rodzi coraz większe wątpliwości i obawy w środowisku sztuk walki, zaś bilans spodziewanych zysków i strat wcale nie musi być dodatni...

Jagues Delcourt (WUKO) oraz Hidetatka Nishiyama (ITKF).

Do dnia dzisiejszego obie największe organizacje karate starające się o olimpijski awans szukają dróg porozumienia, które załagodzi dotychczasowe konflikty oraz umożliwi wspólny start w ramach kolejnych igrzysk. Pozostałe organizacje funkcjonujące w świecie sztuk walki działają i rozwijają się bez aspiracji olimpijskich.

Po śmierci Masatoshi Nakayamy w kolebce karate shotokan JKA doszło do rozpadu i powstania kilku odrębnych organizacji. O prawo do spóścizny i nazwy JKA walczyło kilka ugrupowań. Ostatecznie po 12 latach procesów sądowych zwyciężyła grupa Nobuyuki Nakahary, która przyjęła nazwę Japan Karate Association - World Federation (JKA-WF), głównym instruktorem federacji został Motokuni Sugiura /9 Dan/. Organizacja ta skupiła w swoich szeregach m.in. takich mistrzów jak: Masaki Ueki /8 Dan/, Hideo Ochi /8 Dan/, Masataka Mori /8 Dan/, Masahiko Tanaka /8 Dan/, Hideo Ishida /8 Dan/, Yoshiharu Osaka /7 Dan/, Takenori Imura /7 Dan/, Minoru Kawawada /7 Dan/, Kenro Kurasaki /7 Dan/, Yasunori Ogura /7 Dan/, Tomio Imamura /6 Dan/ i inni. 
Z organizacja tą współpracuje także Teruyuki Okazaki /8 Dan/, który w USA stanął na czele International Shotokan Karate Federation (ISKF). Jego organizacja jest jedną z największych w USA i największą na wschodnim wybrzeżu Stanów Zjednoczonych. W federacji tej działają: Takayuki Mikami /8 Dan/, Yutaka Yaguchi /8 Dan/, Shojiro Koyama /8 Dan/, Shigeru Takashina /8 Dan/.Przegrany w procesie o nazwę i dorobek JKA Tetuhiko Asai /9 Dan/ stanął na czele Japan Karate Shoto Renmei (JKS). Współpracują z nim: Sadashige Kato /8 Dan/, Masao Kagawa /8 Dan/ oraz mistrzowie młodszego pokolenia tacy jak: Takahashi Yamaguchi /6 Dan/, Minoru Ishimine /6 Dan/, Ryushou Kanayama /6 Dan/. Kolejny z wielkich mistrzów dawnego JKA - Mikio Yahara /8 Dan/ stanął na czele Karatenomichi World Federation (KWF) zaś Keigo Abe /8 Dan/ założył Japan Shotokan Karate Association (JSKA). Organizacje te obok SKIF Hirokazu Kanazawy /10 Dan/ uznawane są za główne organizacje stylowe karate shotokan kontynuujące dorobek dawnej JKA. Większość z tych organizacji stara się powiększyć zasięg swojego działania poprzez powoływanie kontynentalnych oddziałów, które następnie dążą do otwarcia swoich przedstawicielstw w poszczególnych krajach. Według szacunków już ponad 200 organizacji zajmuje się na świecie propagowaniem karate. Sytuacja ta bynajmniej nie jest stała, lecz charakteryzuje się znaczną dynamiką. Wiele z organizacji upada, zmienia nazwę lub przyłącza się do już istniejących o większym potęcjale organizacyjnym i większych zasobach ludzkich. Tak więc co jakiś czas dotychczasowa wiedza na temat rozwoju organizacyjnego karate musi podlegać weryfikacji.